Samlingene til museet i Vadsø består i hovedsak av kulturhistorisk materiale fra lokalområdet. Fordi museet har et nasjonalt ansvar for den kvenske/norskfinske minoritetsgruppen har vi også samlinger som representerer denne gruppen. Samlingene gir oss viktig kunnskap om vår historie.

Museets samlinger består av gjenstander, foto, arkiv, lyd, fartøy og flere antikvariske bygningsanlegg. Vi jobber kontinuerlig med innsamling, formidling og forskning på vår kulturhistorie. Blant annet Vadsø som fiskevær og jordbruksområde, handel- og administrasjonsby, middelalderbosetning, hvalfangst, luftskipshistorie og historien til bygdene i Vadsø kommune.

Målet med samlingene er, innenfor våre rammer, å bevare materialet under best mulige forhold for lengst mulig tid. Pr i dag jobbes det med å flytte  samlingene fra våre gamle fredede bygningsanlegg og andre lagerrom inn i vårt nye magasin i hovedbygget vårt. Dette vil være viktig for å kunne forbedre forholdene med tanke på sikring og lagring.

Museet i Vadsø har også en egen side på Digitalt museum, under siden til Varanger museum, hvor man kan se gjenstander og foto fra samlingen vår.