Sør-Varanger har hatt krig nært innpå seg flere ganger i forrige århundre; på finsk og sovjetisk side av grensa: Borgerkrig i Russland og Finland i 1917, krig i Petsjenga i 1918, nye kamper som endte med at Petsjenga ble finsk Petsamo i 1920, og (den finsk/sovjetiske) Vinterkrigen i samme område i 1939 (som i 1940 endte med at Petsamo fortsatt var under Finland). Under krigene på finsk side, kom finske flyktningestrømmer over elva og grensa til Norge til trygghet så lenge krigene varte.
2. verdenskrig- okkupasjonstid
Samtidig var Kirkenes oppmarsjområde for det tyske angrepet mot Sovjet i 1940. Okkupasjonen medførte innrykk av store styrker, opprustning og krigsmateriell. Private hjem og offentlige bygg ble rekvirert av okkupasjonsmakten. Her var dessuten mer enn 70 fangeleirer, og blant annet flere store sykestuer som tok i mot døde og skadde tyske soldater fra kampene ved Litsa. Lokalbefolkningen fikk krigens hendelser nært innpå seg. Partisanvirksomheten var betydelig i den lokale motstandskampen, og mange ble drept eller straffet for dette. Kirkenes ble helt utbombet av alliert flyvåpen, og folk måtte søke dekning flere hundre ganger under flyangrep. Den brente jords taktikk ble iverksatt under den tyske tilbaketrekkinga, men da mest i distriktene der det enda sto bygg igjen. På grunn av at tilbaketrekkinga skjedde så fort, var det begrenset hvor mye som ble brent. Førkrigsarkitektur som står igjen, er dermed stort sett utenfor Kirkenes.
Tysk tilbaketrekking
Tvangsevakuering av befolkningen under tilbaketrekkinga var hard, i overfylte båter som medførte mye sykdom, og også dødsfall. En del unngikk evakueringen ved å gjemme seg i hytter og gammer. I Bjørnevatn holdt nærmere 2000 mennesker seg skjult i en tunnel på gruveområdet til A/S Sydvaranger, til Den Røde Armé klarte overvinne de tyske styrkene, og da befridde Sør-Varanger som det første norske territorium 25. oktober i 1944. Den Røde Armé holdt seg i området i ett år, til høsten 1945.
Etterkrigstid
Gjenreisning og opprydding var krevende, og arbeidet ble startet planlagt på det første kommunestyremøtet allerede dagen etter frigjøringen. Det skjedde i et bygg nå kalt Rørbua like utenfor tunnelåpningen i Bjørnevatn, som i dag er vernet. Den første fredsvinteren ble imidlertid Finnmarksbarn invitert til Sverige av Svenska Røde Korset, til å bo hos privatfamilier eller på internatskoler, som en del av hjelpen til det krigsrammede Norge. Rundt 300 barn fra hele Sør-Varanger oppholdt seg derfor der i den første, krevende perioden i fredstid.
Da den kalde krigen satte sitt grep, var igjen Sovjetunionen nærmeste nabo, da Finland hadde tapt Petsamo til Sovjet. Det anstrengte forholdet mellom øst og vest medførte mistenkeliggjøring og overvåking av partisaner og andre som de norske myndighetene mistenkte hadde kontakter med Sovjet. Også i lokalsamfunnet ble «sovjetvennlige» og barn av dem hengt ut. Folk i Sør-Varanger som hadde jobbet for okkupasjonsmakten, eller hadde omgåttes noen av dem under krigen kunne likeledes bli uthengt som svikere, og dette gjaldt særlig norske jenter – slik som i resten av landet. Da engelske styrker kom til Sør-Varanger etter frigjøringa, var både engelske og norske soldater med på tvangsklipping av lokale jenter som straff. 2.verdenskrig satte dype spor ikke bare i folks bevissthet, men også i terrenget, med utallige etterlatenskaper og rester etter materiell og byggverk.
Oppløsningen av Sovjetunionen i 1991 førte igjen til økende kontakt og samarbeid over den norsk-russiske grensen. Naboskapet i nord-øst ble sterkere, et paradoks i det storpolitiske bildet, der Russland og NATO ellers har et anstrengt forhold pga. Russland-Ukrainakonflikten som eskalerte i væpnede kamper i 2014. Russlands invasjon av Ukraina i 2022 og den sikkerhetspolitiske situasjonen skaper uro, og setter også det mellommenneskelige på prøve i grenseområdet.